Ce département est d'une importance très capitale, il est au centre du fonctionnement de la structure médicale. Après prélèvement, plusieurs services peuvent être sollicités notamment la parasitologie, la bactériologie, l’hématologie, l’immuno -sérologie, la cytologie et la biochimie.
Le département projette d’avoir un service d’anatomie-pathologie ainsi qu’une banque de sang, qui sont à l’heure actuelle des besoins primordiaux pour le diagnostic des cas de cancer et la correction des anémies.
